L'edificio ha una forma pentagonale. Situato nella zona del porto, è una sorta di isola autosufficiente, collegata all'esterno solo da una piccola passerella; il piccolo canale che la divide dalla terraferma si chiama "Mandracchio". Occupa una superficie di 20.000 m² in cui può ospitare fino a 2.000 persone, oltre ad una grande quantità di merci; il rifornimento idrico è assicurato da una rete sotterranea di cisterne. L'unica parte visibile di questo sistema è un piccolo tempio neoclassico dedicato a San Rocco, presente al centro del cortile interno.
Nella parte interna dell'edificio si trovano i locali che erano destinati alla quarantena, mentre le stanze nella parte esterna erano usate come deposito della merce.Oggi è utilizzata per le manifestazioni culturali estive promosse dal Comune di Ancona. E' comunque anche sede di associazioni sportive e culturali cittadine.