I Secret Chiefs 3 nascono intorno alla metà degli anni novanta sotto la guida e l’ispirazione di Trey Spruance, già chitarrista dei Faith No Moree dei Mr.Bungle. Fin dall’inizio si caratterizzano come un formazione aperta e in continua evoluzione, tra i componenti fissi del gruppo ritroviamo Danny Heifetz e Trevor Dunn, rispettivamente batterista e bassista dei Mr.Bungle. Le diverse influenze musicali e l’alternarsi di musicisti all’interno del gruppo rendono quasi impossibile la classificazione dei Secret Chiefs 3 in un unico genere musicale.