La nascita dei Mercury Rev è datata 1989, quando a Buffalo, New York, si uniscono il cantante David Baker, il chitarrista Sean "Grasshopper" Mackiowiak, Suzanne Thorpe al flauto, Jimmy Chambers alla batteria e due ex componenti dei The Flaming Lips: il chitarrista Jonathan Donahue e il bassista Dave Friedmann. Anche grazie ai due "ex" il gruppo sarà accostato alle sonorità psichedeliche dei Flaming Lips. Inizialmente i Mercury Rev si dedicarono alla realizzazione di colonne sonore per film di piccola produzione; il debutto discografico (Yerself is Steam) si ha nel 1991 e rivela la vena alternative rock della band con una buona miscela di psichedelia e noise, il tutto senza rinunciare ad una attenta ricerca della melodia con il contrapporsi di flauto ed archi alle distorsioni delle chitarre. In seguito al secondo album (1993) Baker lascia la formazione e il microfono solista passa a Donahue; alla band si aggiungerà inoltre il tastierista Adam Snyder. Questi avvicendamenti segneranno una svolta verso un sound pop e l'abbandono di sonorità più dure.
Il culmine del loro successo lo raggiungeranno nel 1998 con Deserter's Song, album contornato da largo utilizzo di strumenti orchestrali e arrangiamenti altamente sinfonici. Questo album li catapulterà alla ribalta delle classifiche conquistando il 27° posto in Gran Bretagna e consacrandoli come gruppo d'avanguardia. L'album successivo vedrà l'ingresso del batterista-tastierista Jeff Marcel e una conseguente tendenza ad uno stile ancor più melodico.