Autore e interprete di un repertorio che appartiene al cosiddetto teatro civile, si occupa di teatro dagli anni settanta. La sua attività si distingue per il gusto dello studio dei testi e della ricerca delle fonti e per l'accostamento continuo dei fatti a trovate teatrali spesso dissacranti e ironiche; i suoi spettacoli, in questo modo, affrontano tematiche complesse.
Paolini - i cui spettacoli sono per la gran parte sviluppati in monologhi spesso recitati in lingua veneta - è considerato uno dei massimi esponenti della cosiddetta "prima generazione" di quel "quasi-genere" solitamente definito come teatro di narrazione: un teatro che, sulla scia della lezione del Mistero Buffo di Dario Fo, si fonda sul racconto di un performer che - senza trucco, costumi o scenografia - assume la funzione di narratore, con la propria identità non sostituita, cioè senza interpretare un personaggio. Si è soliti ascrivere alla prima generazione della narrazione, oltre a Paolini, anche Laura Curino e Marco Baliani: le voci più significative della "seconda generazione" sono invece Ascanio Celestini, Davide Enia, Giulio Cavalli e Mario Perrotta.
Fino al 1994 Paolini ha lavorato in vari gruppi teatrali: Teatro degli Stracci, Studio 900 di Treviso, Tag Teatro di Mestre e Laboratorio Teatro Settimo. Con quest'ultimo ha realizzato Adriatico (1987), il primo della serie degli Album, e ha partecipato all'allestimento di diversi spettacoli teatrali, rivedendo fra gli altri Shakespeare e Goldoni.
Negli anni novanta inizia a collaborare con la Cooperativa Moby Dick - Teatri della Riviera con cui ha realizzato spettacoli come Il racconto del Vajont, Appunti foresti, Il milione - Quaderno veneziano di Marco Paolini e i Bestiari (raccolta di spettacoli dedicati al recupero della cultura locale, in particolare veneta).
Proprio grazie a Il racconto del Vajont Paolini arriva al grande pubblico; lo spettacolo vince nel 1995 il Premio Speciale Ubu per il Teatro Politico, nel 1996 il Premio Idi per la migliore novità italiana e nel 1997 l'Oscar della televisione come miglior programma dell'anno per la trasmissione televisiva sulla tragedia del Vajont, trasmessa da Rai Due in diretta dalla diga del Vajont il 9 ottobre 1997, anniversario del disastro[1].
Dal 1999 Paolini autoproduce i suoi progetti teatrali, editoriali e cinematografici attraverso l'attività della Società JoleFilm.